碳有機化合物是指土壤中來自生命的物質，是土壤中除土壤礦物質以外的物質。它是土壤中最活躍的部分，是土壤肥力的基礎，是衡量土壤肥力的重要指標之一。那麽應該如何選擇有機肥？
第一，複合肥看養分，有機肥看原料。
有機肥的原料種類繁多，質量參差不齊，效果差異很大。腐植酸、城市汙泥、紙廠紙泥、木質素、生化製藥廠廢棄物、餅粕等。腐植酸原料在一定程度上可以改善土壤和根係，但對土壤中有益菌的支撐作用很小，所以肥料質量一般。但由於城市汙泥和紙廠紙泥重金屬含量高，如果在處理過程中有遺漏，會造成農作物的人為汙染和收入損失。
第二，有機肥腐熟後效果更好。
雖然木質素原料的有機肥含有較高的有機質，但由於木質素在土壤中難以分解，因此可以想象使用它們作為肥料的效果。近年來，生化製藥廠的固體廢物經過微生物法分解後製成的有機肥在農業實際生產中表現出良好的效果，這是因為生化製藥廠生產的抗生素培養基中會添加澱粉和餅粕。這些廢物中的成分營養價值很高，經過分解處理後用作有機肥的效果非常顯著。
第三，根據情況選擇合適的有機肥料
種植瓜、西紅柿等生長期較長的蔬菜作物時，不要簡單地使用商品有機肥，也不要簡單地根據價格來衡量或選擇某種有機肥。農家肥和商品有機肥可按1:1的比例投入使用，可避免商品有機肥持續時間短的缺點。換茬時補充有益微生物也很重要。
有機物對土壤非常重要，及時適當地補充土壤有機物對保持土壤肥力和物理化學性質非常重要。隨著大規模種植的到來，傳統的補充有機物的方法遠遠不能滿足當前種植的需要。以香蕉為例。除了生產各種商品的有機肥料外，還用雞糞、油枯等作為增加營養和有機物質的肥料進行種植。它們對提高香蕉的內在品質、香蕉的外部顏色和產量有著不可磨滅的作用，但雞糞中的抗生素、重金屬等問題需要注意，每次使用不當造成的燒根都要選擇。
