與傳統堆肥發酵相比，利用有機肥發酵罐發酵畜禽糞汙具有以下優勢：占地麵積小，自動化程度高，一人操控即可完成發酵處理全部過程；通過除臭係統實現氣體達標排放，不產生二次汙染；設備主體采用不鏽鋼特殊材質，減少腐蝕，使用壽命長；主體保溫設計，輔助加熱確保低溫環境下設備正常運行。用時利用發酵罐發酵畜禽糞汙具有以下缺點：有機肥設備投資較大,耗能高，運行成本高；由於傳統堆肥受外界溫度影響較大，有機肥發酵罐與傳統堆肥相比，溫暖季節生產效率較低，寒冷季節生產效率高。
槽式有機肥發酵設備。槽式發酵需要的設備是槽式發酵翻堆機，該翻堆機具有處理量大、占地小、操作簡單、可實現無人駕駛等優點。但因為要建發酵槽，造成發酵場固定，有一定的局限性，透氣性也沒有條垛式好。目前，槽式發酵有機肥翻堆機在翻拋功能的基礎上有些設計有加氧裝置，可增加透氣性；有些增加了打碎攪拌功能，適合於糞便型、糟渣類和纖維較多、黏性小的發酵物，這樣可以省卻原料攪拌打碎這些前處理工序，減少了生產環節。槽式有機肥翻堆機因其在固定軌道上行走，大多采用電機驅動，其價格主要與其電機功率有關。
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