1、快速啟動發酵。一般在夏季，經微生物發酵劑處理的雞糞堆肥達到無害化指標的堆製時間一般為20天左右，而自然發酵達到這一指標時間常需60天左右。主要是因為微生物的生長繁殖，使物料中物質發酵降解，縮短堆肥達到高溫階段的時間，並延長高溫期。而在冬季尤其是北方，由於氣溫太低，難以啟動發酵，可以在雞糞中添加發酵劑微生物，便可快速啟動雞糞發酵。
1、消滅病原微生物。在微生物菌劑處理雞糞的過程中，溫度可達65℃~70℃甚至更高，高溫不僅使雞糞等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地殺滅其中病原微生物或病毒，其中50℃~70℃的堆溫，持續6~7天，對蟲卵和病原菌。即可達到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃~70℃高溫數分鍾便可致其死亡。
2、去除臭味。在雞糞中添加微生物菌劑，可以有效祛除惡臭氣體。這主要是由於微生物可以將不含氮、硫的有機物質如苯酚、羧酸、甲醛等被分解為CO2和H20;將含氮的有機物氨化為NH3，NH3可被亞硝化細菌氧化為NO2-，再進一步被硝化細菌氧化為N03-;含硫的惡臭物質經微生物分解釋放出H2S，被硫氧化細菌氧化成為硫酸等，使汙染物得以去除。
4、酶活性變化。雞糞堆積發酵過程中的一切生物化學過程都是在酶的參與下進行的，酶活性大小反映了有機物料堆製中各種生物化學過程的強度。接種微生物菌劑的雞糞堆肥，由於菌劑中含有較多產纖維素酶、蛋白酶、脂肪酶和過氧化氫酶等酶的微生物。因此，其各種酶活性顯著高於自然堆製。
5、增加肥效。微生物可以分解雞糞中的澱粉、脂類化合物、半纖維素和蛋白質等較易分解的物質以及部分纖維素和少量木質素，其中部分轉化為水溶性碳、氮化合物，同時初期被微生物利用的部分碳、氮源隨著微生物的死亡而被逐漸分解釋放。因此，可以增加糞便中水溶性碳、氮的含量。與雞糞自然發酵相比，由於微生物菌劑產生的各種酶類能催化有機質快速轉化為腐殖態，接種微生物菌劑的堆肥在相同時間裏能合成較多腐殖態碳、氮。另一方麵，微生物菌劑能產生一些酸性物質，降低雞糞的PH值，減少雞糞發酵過程中氨的揮發，保持較多氮素，提高肥效，保護環境。
6、提高對作物的安全性。尿酸、NH4+-N是雞糞中主要影響作物正常生長的物質，微生物菌劑能促進堆肥中的氮物質向蛋白氮和NH3+-N轉化，減少NH4+-N的累積，能快速消除或減少致使作物生長障礙的物質。
7、可製作成其他動物的粗飼料 。雞糞幹物質中粗蛋白占31%~33%，其中有一半以上是尿酸、尿素、肌酸、氨等非蛋白氮以及雞糞本身含有的粗纖維和墊草中的大量粗纖維。所以雞糞是養殖畜、禽、魚的好飼料，但生雞糞中含有寄生蟲卵及一些有毒物質和病菌，不能用生雞糞直接進行飼喂，必須在雞糞中添加微生物菌劑進行高溫發酵處理，才能成為無毒且營養豐富的飼料。
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